答えはYESでもありNOでもあります。
通常の床暖房ではフローリングの下にヒーターを設置するので表面温度が30度前後の高温になります。すると乾燥して多少収縮するので、通常は床暖房対応の複層合板フローリングを用います。ヨーロッパ製の無垢フローリングなどでは床暖房対応品がありますが、かなり高価であって利用は限られるでしょう。
オーガニックスタジオの推奨暖房方式の「床下暖房」では、直接フローリングを温めないために表面温度は20~24度前後とマイルドで、床暖房用に加工していない無垢のフローリングでなくても利用できます。